Samozřejmě že poradím:

1. JP1x piny - nevyužité piny (rezerva do budoucna, ale asi stejně zůstanou nevyužité). Jeden z nich by měl být spojen s GND. Ještě se podívám na desku co kam vede, teď ji nemám u sebe. Doplním zde.
2. To je programovací konektor pro SoC. Můžete ho využít pro získání +3.3V a GND. Ostatní piny v tomto 2x5 konektoru musí zůstat nezapojené, jinak zničíte SoC.
3. ano, D0 je výstup, a současný firmware ho překonfigurovat neumí (možná v budoucnu)
4. možností je více. např. ze systémového konektoru (ty dvě řady pájecích plošek na kraji pod ARK svorkami), kde +3.3V je na pinu pro napájení 1-Wire sběrnice, nebo třeba viz bod 3.

Pokud potřebujete rozšířit vstupy a výstupu, máte více možností:
- koupit SDS MACRO
- připojit desku s dalšími vstupy a výstupy přes sériovou linku (SDS MICRO má k dispozici UART (RX,TX) s 3V3 CMOS úrovněmi)
- použít více SDS MICRO a nechat je mezi sebou komunikovat přes Ethernet (viz návody pro SDS-C programy)

Pozn.
Některé kusy výrobků osazuje p. Prejda ručně, proto je to takové jaké to je. Prosím směřujte (tuto zcela oprávněnou) kritiku jeho směrem, jen tak se to zlepší. Každopádně teď by měla být k dispozici série už osazená strojně, takže by to mělo být zcela ok, zřejmě jste majitel jednoho z prvních kusů... nevím co a jak, já výrobu nedělám takže zde neporadím. Ale jak jsem napsal...

Tak použij analogové vstupy. 
Pokud Ti neco spina jednou za čas a není to něco moc důležitého, tak to nebude problém.
Použij odporový dělič a máš vstupů více.

nevím jak je to aktuálně řešeno v sw, nicméně dva piny ze 4 v pravo nahoře ad1) se dají ovládat z SDS-C, minimálně jako výstupy, skrzevá to, že jsou připojeny přímo na CPU tak by sw šly změnit na vstupy minimálně na úrovni SDS-C, chce to ale vědět jakou máte revizi dps, v prvních revizích byly tyto piny sdílené s eeprom, to pak padlo..
btw šlo by udělat foto té desky se studeňákama a poslat to p. Prejdovi  ? aby bylo vidět jestli byly ostatní součástky ruční práce nebo automat ? nějak mi to moc nejde do hlavy, každopádně nemůže to být tím že je všechno děláno PbFree a kondenzátory mají větší vrstu pájky ? ono to PbFree vypadá tak nějak studeňákovitě samo o sobě..

No k těm pinům, ano sw jsou výstupy, ale skrz to, že vedou přímo do CPU je reálná šance je pouhou programovou změnou udelat vstupy..
k revizi - pod cpu je v bílé masce napsáno SDSmicro a pod tím něco jako R1DF a podobně..
k studeňáku, pokud je to tak opravdu bombardujte p. Prejdu!

vlevo menu SDS - Vítejte a nahoře tučným "Toto je verze hw SoC-ARM REV4 100Mbit DF5, ze dne 27.10.2011."
skrz ty piny ano myslím úpravu fw, ale minimálně pro řízení v SDS-C v tom nevidím zásadní problém

Předpokládám, že kompenentní osoba už si to dávno přečetla, ještě to malinko potlačím

Nicméně SDS MICRO má možnost využití i sys[671] až sys[674], možná že by to mohlo pomoct, ale opět jsou to výstupy...

Vážení, myslím že je zbytečný flame na téma co kdo má nebo nemá kupovat, a) když už je možnost využít hw na max tak nevidím důvod aby se někdo ostýchal  s prosbou o úpravu pro max využití potenciálu zařízení b) micro je mimo jiné dobré jako odrazový můstek pro začínajícího uživatele, k čemu kupovat hned něco drahého "na takové to domácí žvýkání" když vlastně ani nevím o co jde a až se s tím naučím a budu mít možnost využít potenciálu macra tak proč ne..

Bohužel, 1-wire je tady omezeno jen na teploměr. To si myslím, že je velké omezení , ale věřím, že se to do budoucna změní.
A nasimulovat 1-wire teploměr, to asi až tak jednoduchá elektronika nebude.