1) Upload provádiš programem SDSC-ddmmyy.EXE pod tlačítkem UPLOAD SDS-C a otevře se okno kde je dále tlačítko "Upload user html page to SDS".
2) Nahráním nového souboru přepíšeš starý - je jedno jak se tvůj soubor jmenuje, navenek je vždy interpretován jako user.html.
3) SDS program do zařízení nahraješ taky jen jeden. V něm pak musíš ošetřit jednotlivé výstupy. Zapomeň na nějaké přiřazování funkcí k událostem - tohle je zcela jiný princip programování :-).
4) Uživatelské proměnné jsou proměnné na které se může odkazovat tvůj program nahraný v SDS a můžeš je externě menit právě pomocí této stránky (jsou i niné způsoby jak je měnit).

Ano, od každého pouze jeden soubor. Ale i na jedné stránce toho můžeš vykouzlit hodně, ale to dá více práce. Použití například záložek, vektorvá grafika SVG,....

ad 4) Všechna data ze SDS dostaneš ven několika různými způsoby-http_get, zobrazením předdefinovaných stránek, xml soubory .... Ale občas potřebuješ naopak nějaký parametr předat dovnitř programu v SDS a to již není tak snadné. Klávesnici k tomu nepřipojíš aby jsi to napsal přímo a tak k tomu použiješ ty uživatelské proměnné. Zjednodušeně řečeno zvenku můžeš zadávat pouze ty uživatelské proměnné  a nic jiného (vyjímkou jou ještě věci co zadávaš přes vestavěné systémové stránky).

Záložky=kotvy

Samozřejmě že můžeš a můžeš to i kombinovat. Já mám na HTML+javascriptu v SDS zobrazování stavu a ovládání, v PHP na NAS Synology načítaní všech stavů a proměnných do Mysql a následno tvourbu grafů.
Vše už tady balo v diskusích popsáno tak studuj. Skvělý základ je demo na http://www.merenienergie.cz/demo-macro